指导委员会是联盟开展各项工作的指导机构，对联盟工作开展给予政策指导和监督。工业和信息化部辛国斌副部长担任指导委员会主任。

战略咨询委员会是联盟战略决策咨询机构，对联盟推动工业绿色发展提供顶层决策咨询。中国工程院原院长周济担任战略咨询委员会主任。

专家委员会是联盟具体工作开展过程中的专业指导机构，对联盟推动绿色制造在各区域、各行业、各领域建设实施提供专业保障和组织实施。华东师范大学校长钱旭红院士担任专家委员会主任。

理事会是联盟的决策机构，对联盟会员大会负责。理事会成员包括数十家世界500强企业以及百余家涵盖钢铁、有色、石化、化工、建材、电力、能源、机械、轻工、纺织、电子信息、节能环保等行业的领军企业和机构。